В XVIII столетии в соборе появился великолепный барочный иконостас с рокальевыми мотивами. Во второй половине XIX века в храме обновили живопись и устроили новую кровлю. В 1919 году собор закрыли, отдав помещение под музейную экспозицию. Какое-то время убранство храма сохранялось в неприкосновенности. Однако, после того, как в церковные стены въехал сначала архив, а затем и склад, последовали разрушения: паперти были разломаны, иконы в богатых окладах исчезли, равно как и церковная утварь, книги, резные скульптуры.
Последним настоятелем собора перед его закрытием был протоиерей Иоанн Смирнов. Священника расстреляли на Бутовском полигоне 9 сентября 1937 года. Возрождение собора началось в 1990-х годах.