В 1743 году солдат лейб-гвардии Семеновского полка Николай Михайлович Нащокин подал прошение о строительстве и, после проведенного расследования, разрешение было выдано. Указ об освящении новопостроенной Покровской церкви был выдан Московской духовной консисторией в 1750 году и село после этого стало называться Покровское-Рубцово.
Покровская церковь сооружена в стиле барокко. Оригинальное по композиции здание храма принадлежит к довольно редкому в Подмосковье центрическому четырех-лепестковому типу храмов. Предшествующим ему аналогом является Знаменская церковь в Перово, а ровесницей — усыпальница в усадьбе Полуэтово. В XIX веке к храму была пристроена обширная трапезная и трехъярусная колокольня, в конце столетия церковь и кладбище были обнесены каменной оградой.
В годы гонений храм не закрывался. В 1920 году в храме служил священник Сергей Орлов, прославленный в лике новомучеников и исповедников Российских. В 1972–1974 годах в храме проводились реставрационные работы.
